员工自离申请劳动仲裁的直接回复，有明确的法律依据。以下结合相关法律法规为您详细分析适用情况：
员工自离申请劳动仲裁的法律依据主要为《中华人民共和国劳动合同法》。该法第三十八条规定，用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；（二）未及时足额支付劳动报酬的；（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的等。若员工自离是因为用人单位存在上述违法情形，根据该法第四十六条，劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿。因此，当员工自离原因符合《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条规定的用人单位违法情形时，员工申请劳动仲裁主张经济补偿等请求，在证据充分的情况下，仲裁委通常会支持员工的合法诉求。
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员工自离后申请劳动仲裁，可能会面临一些法律风险，以下为您举例说明：
1. 用人单位可能以员工自离给单位造成损失为由要求赔偿。如果员工自离未提前通知用人单位，且用人单位能够证明因员工自离导致生产经营受到直接损失，如订单违约、设备闲置等，用人单位可能会在仲裁中提出反诉，要求员工赔偿相应损失。
2. 员工主张用人单位存在违法情形证据不足的风险。若员工自离原因是认为用人单位存在违法情形，但在仲裁中未能提供充分、有效的证据证明用人单位的违法行为，仲裁委可能无法支持员工的仲裁请求，导致员工败诉。
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在员工自离申请劳动仲裁的案件中，存在一些特殊情况或例外情形，会对处理结果产生影响。以下为您解释说明：
1. 用人单位存在《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条规定以外的其他重大过错情形。如果用人单位存在欺诈、胁迫或者乘人之危，使员工在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同等重大过错情形，虽然不属于第三十八条明确列举的情形，但员工自离后申请劳动仲裁，仲裁委可能会根据具体情况认定用人单位存在过错，支持员工的合理诉求，这会对仲裁结果产生积极影响。
2. 员工自离后与用人单位达成和解协议又反悔。若员工自离后与用人单位就劳动争议达成了和解协议，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不存在欺诈、胁迫或者乘人之危情形，员工再申请劳动仲裁反悔的，仲裁委可能会认定和解协议有效，对员工的仲裁请求不予支持，从而影响仲裁处理结果。

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