三方协议与劳动合同薪资不同时，应以劳动合同约定为准。具体处理方式如下：若三方协议薪资明确，而劳动合同薪资更低且用人单位无合理解释，毕业生可依据三方协议主张按约定履行，因三方协议的薪资条款在双方自愿下对用人单位有约束力；若三方协议仅为意向性表述，劳动合同明确具体薪资，则以劳动合同为准，三方协议模糊表述不构成最终薪资承诺；若劳动合同签订后用人单位未按约定支付薪资，毕业生有权要求补足差额，因劳动合同是确立劳动关系、明确权利义务的核心依据。
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三方协议与劳动合同薪资不同时，存在以下法律风险：一是用人单位可能以三方协议无劳动合同法律效力为由拒付差额薪资，若三方协议明确约定薪资且劳动合同更低，毕业生主张补足差额时，用人单位或以此为由拒绝，导致薪资损失；二是证据不足风险，若毕业生未妥善保管协议文本及沟通记录，协商不成时可能因无法提供充分证据，在劳动仲裁或诉讼中难以维护合法权益。
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从法律依据看，三方协议与劳动合同薪资不同时应以劳动合同为准。《中华人民共和国劳动合同法》第三条规定：“订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。”三方协议是毕业生、用人单位和学校签订的就业意向协议，性质更偏向预约合同，不直接确立劳动关系；劳动合同是确立劳动关系、明确权利义务的协议，具有法律效力。因此，当两者薪资不一致时，劳动合同效力优先，应以其约定为准。
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三方协议与劳动合同薪资不同的处理，还可能受以下特殊情况影响：一是三方协议明确约定薪资且该条款对劳动合同有约束力，用人单位未履行时，三方协议薪资条款可能被认定有效，更倾向支持毕业生按三方协议主张权利；二是劳动合同签订后用人单位未按约定支付薪资，既低于三方协议也低于劳动合同约定，毕业生可主张按劳动合同支付薪资，还可追究用人单位未按劳动合同支付劳动报酬的违约责任，需重点围绕劳动合同履行情况处理；三是若用人单位存在欺诈、胁迫等情形签订协议，导致薪资条款非毕业生真实意愿，两份协议薪资约定可能因协议可撤销或无效而不受约束，需先确认协议效力再确定薪资约定。
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